http://statgen.us/index.php?action=history&feed=atom&title=PSEQ_Exercise 2026-04-05T18:27:09Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.26.2 http://statgen.us/index.php?title=PSEQ_Exercise&diff=258&oldid=prev 2017-02-23T18:43:03Z

<p>Created page with &quot;__NOTITLE__ ==PSEQ exercise== Data analysis: pseq help pseq help all pseq myproj new-project --resources hg19 pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.v...&quot;</p> <p><b>New page</b></p><div>__NOTITLE__<br /> ==PSEQ exercise==<br /> Data analysis:<br /> <br /> pseq help<br /> pseq help all<br /> pseq myproj new-project --resources hg19<br /> pseq myproj load-vcf --vcf CEU.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz YRI.exon.2010_03.genotypes.hg19.vcf.gz<br /> pseq myproj load-pheno --file phenotype.phe<br /> pseq myproj v-view | head<br /> pseq myproj i-view | head<br /> pseq myproj summary <br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj ind-summary<br /> pseq myproj loc-summary<br /> pseq myproj ref-summary<br /> pseq myproj seq-summary<br /> pseq myproj file-summary<br /> pseq myproj meta-summary<br /> pseq myproj v-stats<br /> pseq myproj i-stats | head<br /> pseq myproj tag-file --id 1 --name CEU<br /> pseq myproj tag-file --id 2 --name YRI<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj v-freq | head<br /> pseq myproj v-freq --mask file=CEU | head <br /> pseq myproj v-freq --mask file=YRI | head<br /> pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | head<br /> pseq myproj v-view --mask any.filter.ex | wc -l<br /> pseq myproj v-view --mask any.filter | wc -l<br /> pseq myproj var-set --group pass --mask any.filter.ex<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15 --mask include=&quot;DP&gt;14&quot; var=pass<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10 --mask geno=DP:ge:11 var=pass_DP15<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU --mask file=CEU var=pass_DP15_DPgeno10<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 --mask &quot;mac=1 maf=0.01&quot; var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFgt05 &gt; SNV_CEU.result <br /> head SNV_CEU.result<br /> cat SNV_CEU.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR&gt;1) print $0 | &quot;sort -k9 2&gt;/dev/null&quot;}' | grep -v &quot;NA\s\+NA\s\+NA&quot; | head<br /> pseq myproj assoc --tests fw vt --phenotype BMI<br /> pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_CEU_HWE_MAFlt01 loc.group=refseq &gt; SKAT_CEU.result<br /> pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include=&quot;DP&gt;14&quot; geno=DP:ge:11 file=CEU hwe=5.7e-7:1 &quot;mac=1 maf=0.01&quot; loc.group=refseq &gt; SKAT_CEU.result<br /> head -20 SKAT_CEU.result<br /> cat SKAT_CEU.result | grep SKAT | grep -v &quot;P=NA&quot; | sort -k6 | head -15<br /> <br /> Exercise&amp;nbsp;analyzing YRI samples:<br /> <br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_YRI --mask file=YRI var=pass_DP15_DPgeno10<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE --mask hwe=5.7e-7:1 var=pass_DP15_DPgeno10_YRI<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE_MAFgt05 --mask maf=0.05:0.5 var=pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj var-set --group pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE_MAFlt01 --mask &quot;mac=1 maf=0.01&quot; var=pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE<br /> pseq myproj var-summary<br /> pseq myproj glm --phenotype BMI --covar SEX --mask var=pass_DP15_DPgeno10_YRI_HWE_MAFgt05 &gt; SNV_YRI.result<br /> head SNV_YRI.result<br /> cat SNV_YRI.result | awk '{if(FNR==1) print $0; if(NR&gt;1) print $0 | &quot;sort -k9 2&gt;/dev/null&quot;}' | grep -v &quot;NA\s\+NA\s\+NA&quot; | head<br /> pseq myproj assoc --tests skat --phenotype BMI --covar SEX --mask include=&quot;DP&gt;14&quot; geno=DP:ge:11 file=YRI hwe=5.7e-7:1 &quot;mac=1 maf=0.01&quot; loc.group=refseq &gt; SKAT_YRI.result<br /> head -20 SKAT_YRI.result<br /> cat SKAT_YRI.result | grep SKAT | grep -v &quot;P=NA&quot; | sort -k6 | head -15</div>

Serveradmin